پس از تأسیس سازمان مجاهدین خلق ایران و جمعبندی مبارزات گذشته، محمد حنیفنژاد به ضرورت تربیت کادرها و رهبران ذیصلاح رسیده و به آن همت گمارد. همچنین تدوین ایدئولوژی و استراتژی سازمان مجاهدین خلق ایران در دستور کار او قرار گرفت.
گروه تدوین ایدئولوژی و استراتژی
محمد حنیفنژاد برای تدوین ایدئولوژی و استراتژی، گروهی تحت عنوان گروه ایدئولوژی تشکیل داد. او همچنین یک گروه ۱۶نفره در چهار تیم برای تدوین استراتژی سازمان مجاهدین خلق ایران تشکیل داد.
وی شخصاً بر گروه ایدئولوژی نظارت میکرد. مسعود رجوی یک از اعضاء گروه ایدئولوژی بود که در ارتباطی نزدیک با محمد حنیفنژاد به کار مشغول شد.
دوران آموزشهای تئوریک
سازمان مجاهدین در مجموع از سال ۱۳۴۴ تا ۱۳۵۰ یعنی به مدت ۶سال به کار تئوریک و همچنین سازماندادن تشکیلات خود پرداخت.
هر فرد بهمحض ورود به سازمان باید یک دوره آموزشی دو و نیم ساله و حتی سه ساله را برای گرفتن آموزشهای تئوریک سازمان پشت سر میگذاشت.
کادرهای همهجانبه ضامن حفظ سازمان
محمد حنیفنژاد بر اساس جمعبندی خود از مبارزات گذشته معتقد بود باید کادرهای ذیصلاحی تربیت کرد که در صورت لزوم هر یک بتوانند رهبری سازمان را برعهده بگیرند و بدین ترتیب برخلاف گذشته با اولین ضربه، جنبش متلاشی و نابود نشود.
مجاهدین و خانههای مخفی
یکی دیگر از تحولاتی که در این شش سال رخ داد، آغاز زندگی در خانههای جمعی از سال ۱۳۴۶بود. به این ترتیب اعضاء سازمان شبها دیگر به خانه نمیرفتند، بلکه در خانههایی که پایگاههای مخفی سازمان بود زندگی میکردند.
این موضوع تاثیر فوقالعادهای در پیشرفت مناسبات تشکیلاتی و خودسازی انقلابی برای افراد داشت.
زندگی جمعی
زندگی جمعی، برنامه روزانه مشخص کاری، پیشبرد آموزشها بهصورت جمعی در خانه تیمی با رعایت مسائل امنیتی (پیش از این هر کس هر جزوه را برای مطالعه به خانه خود میبرد که بهلحاظ امنیتی ریسک بالایی داشت) و بسیاری موارد دیگر، از جمله دستآوردهای آغاز زندگی جمعی در خانههای تیمی بود.
حنیفنژاد و خانههای تیمی
محمد حنیفنژاد شخصاً بر امور خانههای تیمی نظارت کرده و هر روز با بازدید از آنها آموزشهای لازم را به افراد میداد. در این دوران سازمان مجاهدین خلق ایران توانست گسترش بیشتری پیدا کرده و در شهرهای مختلفی علاوه بر تهران به عضوگیری و تشکیل پایگاههای سازمانی بپردازد.