خمینی در نجف و برخوردش با مجاهدین:
در سال ۴۹که تعدادی از برادران ما در دبی شهر مسیر به سمت فلسطین دستگیر و با مصادره هواپیمایی که می‌خواست آنها را به تهران تحویل دهد به عراق رفتند.عراق شک داشت که ممکن است توطئه ساواک شاه باشد آنها را زندانی کرد.می‌خواستیم خمینی که درنجف بود به دولت عراق بگوید اینها با شاه نیستند.
-
آقای طالقانی با جوهرنامریی در گوشه‌ٔ یک تقویم که ایشان را برادران شهیدمان سعید محسن وناصر صادق برده بودند به یکی از جاده‌های‌کرج نامه‌یی نوشت برای خمینی و گفت، ” این را ببرید برای خمینی با رمزهایی که بین خودشان از پیش بود تا ایشان دخالت بکند و دولت عراق این بچه‌ها تحویل شاه ندهد.
اینکار انجام شد، اگر چه خمینی هیچ دخالتی نکرد، بعدها البته ما فهمیدیم که در موارد بسیار کوچکتر و شخصی‌تر ایشان دخالت می‌کرده و با مقامات رابط تماس می‌گرفته یک امتیازاتی می‌گرفته والی‌آخر.
آقای علی تهرانی که از آخوندهای برجسته مشهد و فامیل خامنه‌ای بود، یکسری مسائلی را از آن دوران افشا کرد. ارتباطات خمینی را حتی با مقامات مختلف عراقی‌گفت از جمله رابطه‌هایی که با مقامات امنیتی عراق داشت. اما در رابطه با دستگیر شدگان و پیام پدر طالقانی توجه نکرد از ترس این‌که مبادا برایش مشکلی پیش آید.
خمینی بعد از سال ۵۰متوجه شده بود که مجاهدین محور مبارزه با شاه بوده واز حمایت گسترده اجتماعی برخوردارند.
در سال ۵۷مردم شعار می‌دادند رهبران ما را مسلح کنید اما هرگز چنین کاری نکرد همان خمینی که مجاهدین را هزار هزار بدون محاکمه بشهادت رساند.پس چرا فرمان تسلیح نمی‌داد.؟
جواب را از یزدی وزیر کابینه بازرگان شنیدیم که گفت: خمینی در مقابل این خواسته مردم که رهبران مارا مسلح کنید گفت:
در تیر ماه ۵۶بعد از مراسم خاکسپاری شریعتی، من به نجف رفتم و با ایشان صحبت فراوانی کردم. در آنجا ایشان با جنگ مسلحانه مخالف بود. علت را هم این می‌دانست که در یک درگیری مسلحانه، سازمانهای سیاسی – نظامی جلو می‌افتند؛ چرا که آنها تشکیلات دارند. اگر ما بخواهیم مبارزه را به این نقطه برسانیم، آنها برنده می‌شوند و ما مجبور به تبعیت خواهیم شد.
مجاهدین و اعلام مرزبندی سیاسی با خمینی
اولین بروز علنی جدایی سیاسی بین مجاهدین و خمینی، موضع‌گیری و سخنرانی مسعود رجوی در دانشگاه تهران در روز 3اسفند1357(ده روز پس از سرنگونی رژیم شاه) بود. حرف اصلی مجاهدین تأکید بر اولویت و نقش محوری آزادیها و به‌رسمیت شناختن حقوق زنان و اقلیتهای قومی و مذهبی بود. مجاهدین هم‌چنین نسبت به دخالت باندهای ارتجاعی و انحصارطلب در کار دولت بازرگان هشدار دادند و دولت را مسئول رعایت آزادیها و حقوق دموکرایک نیر وهای سیاسی اعلام کردند. به این ترتیب مجاهدین نشان دادند که لبه تیز حملاتشان متوجه بخش ارتجاعی و آخوندی حاکمیت جدید است.
اعلام مواضع متفاوت با خمینی همراه با رأی مثبت به تغییر نظام
در دومین بروز برجسته جدایی بین مجاهدین و خمینی، مجاهدین همراه با رأی مثبت به تغییر نظام در روز 12فروردین 1358، مواضع کاملاً متفاوت خود را در برداشت از اسلام و جمهوری تحت نام اسلام را به‌طور مشروح منتشر کردند و در برابر خمینی که هر گونه پسوند دموکراتیک را برای نظام جمهوری اسلامی مردود و غیرقابل قبول اعلام کرده بود، بر « محتوای متفاوت» برداشت خود تأکید نموده و آن را همزمان با رأی دادن اعلام کردند.
التزام مجاهدین به قانون اساسی به‌رغم تحریم رفراندم
سومین جدایی رسمی که نقطه عطفی در شدت یابی حملات سرکوبگرانه خمینی و باندهای چماقدار حکومتی علیه مجاهدین بود، اعلام غیرقابل قبول بودن قانون اساسی ولایت فقیه از سوی مجاهدین بود. مجاهدین رسما اعلام کردند که به این قانون اساس رأی نمی‌دهند مگر این‌که خواسته‌های مبرم مردم در مورد آزادیها، وارد قانون اساسی شود.
قانون اساسی با آرمان و اعتقاد اسلامی مجاهدین سازگار نیست
تحریم رفراندوم خمینی در مورد قانون اساسی ولایت فقیه از سوی مجاهدین، به‌عنوان مهمترین نیروی سیاسی سراسری مسلمان و متشکل برای خمینی غیرقابل تحمل بود. از این پیش‌تر مجاهدین به‌نحوه تدوین و تصویب قانون اساسی رژیم جدید نیز اعتراض کرده و به جای مجلس خبرگان، خواستار تشکیل مجلس مؤسسان ملی بودند. اما خمینی که قبلاً وعده تشکیل مجلس مؤسسان را داده بود، در عمل از تشکیل آن خودداری ورزید و مجلس خبرگان آخوندی را به ریاست بهشتی تشکیل داد. مجاهدین درمراحل مختلف تدوین این قانون اساسی علیه آن موضع‌گیری کردند و به هنگام برگزاری رفراندوم نیز اعلام کردند که این قانون اساسی با آرمان و اعتقاد اسلامی مجاهدین سازگار نیست و به آن رأی نمی‌دهند.
مجاهدین تهدید اصلی و مارک منافق از سوی خمینی
جدایی صفوف مجاهدین با توجه به موقعیت اجتماعی و سابقه مبارزاتی مجاهدین و قدرت تشکیلاتی
وسازماندهی آنها،واقعیت سیاسی جدیدی را در ایران پس از سقوط شاه به نمایش گذاشت. تمامی ناظران با شگفتی شاهد این واقعیت بودند که نیروی اصلی مخالف و اپوزیسیون در برابر رژیم جدید خمینی، نه کمونیستها ولیبرالها، بلکه یک نیروی مسلمان است به‌خاطر وزن و موقعیت اجتماعی مجاهدین، نیروهای لیبرال و چپ و لائیک که خارج حکومت بودند عمدتاً در اتحاد عمل با مجاهدین بودند. این صف‌بندی، شروع یک مبارزه فشرده در صحنه سیاسی ایران برای آزادی بود. خمینی که نمی‌توانست در فضای آزادی پس از سرنگونی رژیم شاه بلافاصله در سطح سراسری به سرکوب مجاهدین دست بزند، به روشهای سیاسی و تبلیغی برای تخطئه مجاهدین دست زد. مارک «منافقین» را برای زیر سؤال بردن اسلام مجاهدین علم کرد و از طریق شبکه آخوندهای حکومتی ایدئولوژی مجاهدین را «التقاطی» یعنی دارای ایدئولوژی دوگانه
که مخلوطی از مارکسیسم واسلام معرفی می‌کردند.
گروگانگیری بالاترین توطئه علیه مخالفان توسط خمینی
مهمترین نیرنگ و ترفند خمینی در صحنه سیاسی که هم علیه مجاهدین وهم علیه نیروهای لیبرال و حتی بخش لیبرال حاکمیت جدید آن را به کار گرفت، بامبول گروگانگیری دیپلومتهای سفارت آمریکا با شعارهای غلیظ ضدامپریالیستی بود. این اقدام که هم مردم ایران وهم جهانیان را شگفت‌زده کرد در آبان سال 1358و تقریباً 9ماه بعد از سقوط رژیم شاه صورت گرفت. گروگانگیری توسط دانشجویان خط امام انجام شد. سردمداران اصلی آن احمد خمینی، آخوند موسوی خوئینها از سران اصلی باند خاتمی و بسیاری ازمهره‌های اصلی باند خاتمی مانند عباس عبدی و حجاریان و معصومه ابتکار معاون محیط‌زیست در کابینه خاتمی و.. بودند. در نخستین قدم دولت بازرگان سقوط کرد و خمینی از دست یک نخست‌وزیر لیبرال راحت شد.
اگر چه در قدم اول خمینی می‌خواست با گروگانگیری بازرگان را از سر راهش بردارد و این کار را کرد، اما هدف اصلی خمینی مات کردن سیاسی مجاهدین بود. خمینی می‌خواست مجاهدین را در مقابل یک ابتکارعمل بسیار ضدامپریالیستی و بسیار جنجالی مات کند. به این معنی که یا مجبور به حمایت شوند یا مخالفت کنند و به‌عنوان طرفدار آمریکا تخطئه شوند. اما مجاهدین موضع هوشیارانه‌یی اتخاذ کردند. از آن جا که نمی‌توانستند در فضای آن روز به محکومیت صریح این اقدام مبادرت کنند، موضع انتقادی اتخاذ کردند و طی یک پروسه یک ساله نشان دادند که گروگانگیری در سفارت آمریکا صرفاً اقدامی از جانب باندهای خط امامی برای از دور خارج کردن لیبرالها و مات کردن مجاهدین بوده و تماماً به ضرر مردم ایران بوده است. در قدم بعد مجاهدین طی سلسله گزارشهای مستندی در نشریه مجاهد تحت عنوان « ماجراهای پشت‌پرده گروگانگیری» برنامه‌ریزی و نقشه‌های باندهای خط امامی در جریان گروگانگیری را افشا کردند. در سالهای اخیر برخی از سرکردگان سپاه پاسداران درسمینارهای حکومتی در مورد گروگانگیر با صراحت گفتند که مهترین هدف از گروگانگیری ضربه زدن به مجاهدین ولیبرالهای دولت بازر گان و مات کردن آنها در صحنه سیاسی بود. (حسین موسوی نخست‌وزیر وقت در مصاحبه‌یی گفت تسخیر سفارت بزرگترین ضربه به سازمان مجاهدین بود چرا که می‌خواست با حربه ضدامپریالیستی خودشان مجاهدین را از صحنه سیاسی حذف کنند گرچه به‌دلیل پیچیدگی رهبر مجاهدین موفق نشد و برعکس با تأسیس میلیشیا که بعداً به آن می‌پردازیم در مدار بالاتری به‌لحاظ موقعیت سیاسی – اجتماعی قرار گرفتند)
