پیچیده‌ترین دوران پس از ۴تیر ۵۹(اعلان رسمی قتل مجاهدین)
چکیده حرف خمینی که بعداً هم صدها و هزاران بار توسط سران و سردمداران و دژخیمان و مزدوران رژیم و حکام شرع و دادستانهای ارتجاع و رؤسای قوه قضاییه او تکرار شد این بود که مجاهدین بدتر از کفار و دشمن اصلی این رژیم هستند. به‌عنوان مثال رئیس دادگاه ارتجاع در شهر بم هنوز یک ماه از حرفهای خمینی نگذشته، رسماً در 2مرداد59نوشت و مهر کرد که:
«مجاهدین خلق به فرمان امام خمینی مرتدین و از کفار بدترند. هیچگونه احترام مالی ندارند، بلکه حیاتی هم ندارند. لذا دادگاه انقلاب اسلامی به شکایت دروغی آنها وقعی نگذارد».
بنگرید که این یک مقام قضایی رژیم آخوندهاست که نزدیک به 30سال پیش، بدون این‌که مجاهدین کمترین خشونت و یا حتی یک شلیک کرده‌باشند، می‌گوید به‌فرمان خمینی مجاهدین حرمت حیات هم ندارند.
دژخیم مزبورکه آخوندی به نام علامه بود این را در جواب شکواییه یک کتابفروش هوادار مجاهدین در شهر بم می‌نویسد که مزدوران ارتجاع به کتابفروشی او حمله نموده و آن را تبدیل به ویرانه کرده‌اند. حتی تعداد زیادی قرآن را هم پاره نموده و پولهای آن را هم به غارت برده بودند. این در شرایطی بود که به‌گفته سردمداران و سرکردگان و ایادی رژیم، مجاهدین در سراسر ایران حدود 500هزار میلیشیا داشتند.
آقامحمدی رئیس ستاد تروریستی نصر که مسئول امور عراق در دفتر خامنه‌ای و سپس معاون سیاسی رادیو و تلویزیون رژیم بود یک‌بار گفت:
«در اوایل انقلاب شاید حدود 500هزار میلیشیا گروه‌های تروریستی در کشور سامان داده بودند»(تلویزیون رژیم 25/12/78).
روزنامه عصر آزادگان به تاریخ 14دی 1378به قلم اکبر گنجی که نوشته بود:
«گروههایی بود که رهبری استثنایی و کاریزمایی امام خمینی را قبول کرده بودند. جبهه دوم متشکل از شخصیتها و گروه‌های سیاسی بود که با رهبری امام در دوران تأسیس دولت مسأله داشتند…
دسته دوم شامل گروه‌های مسلحی بود که با اصل انقلاب و شکل‌گیری جمهوری اسلامی مسأله داشتند… فرقه رجوی در رأس این سازمانهای تروریستی قرار داشت… و با پشتیبانی پانصدهزار میلیشیا (شبه‌نظامیان) که در سراسر ایران سازماندهی کرده بودند، می‌توانند هسته اصلی نیروهای جبهه اول را که در حول و حوش امام قرار دارند، قلع و قمع کرده و جمهوری خلقشان را برقرار کنند».
قاضی شهرستان بم از استان کرمان
در زیر شکایتنامه یک هوادار مجاهدین به‌خاطر حمله باندهای چماقدار به خانه‌اش نوشت: منافقین (مجاهدین) به فتوای حضرت امام خمینی هیچگونه حرمت مالی و جانی ندارند. این یک حکم جمعی در مورد سرکوب و نابودی جمعی مجاهدین و حامیانشان بود و بعد ها آخوند یزدی رئیس قوه قضاییه رژیم اعلام کرد امام فرموده‌اند....حکم قضایی درباره مجاهدین این است که مجموع سازمان و تشکیلات محکوم شده نه فرد فرد، تا در تطبیق عنوان مفسد و محارب نیازی به تحقیق باشد.خوب است به صحبت‌های خمینی و دشمنی هیستریکش در فاز سیاسی توجه کند....
صحبت‌های خمینی و اعلان رسمی جنگ علیه مجاهدین را در جلسه قبل گفتیم حال ببینیم مجاهدین در مقابل این جنگ‌افروزی خمینی چه کردند و چرا؟
هزار میلیشیا و تعطیل دفاتر در ۲۵۰نقطه
اما در روز 4تیر1359پس از اعلان جنگ رسمی و آشکار خمینی، ما باز هم برای به تأخیرانداختن جنگ و خون‌ریزی و استمرار مسالمت، توانستیم اوضاع را کنترل کنیم و جنگ محتوم و در تقدیر را، باز هم یک‌سال دیگر به‌تأخیر بیاندازیم. همان شب اطلاعیه تعطیل بیش از 250ستاد و دفتر مجاهدین در سراسر کشور را نوشتیم و از این پس مجاهدین تا آنجا که امکانپذیر بود به مبارزه مخفی یا نیمه‌مخفی روی آوردند و صدهاهزار نفر از هواداران هم که امکان مخفی کردن آنها وجود نداشت شیوه‌های کار خود را عوض کردند و به گسترده‌ترین صورت در تمامی شهرها و روستاهای کشور به پهن‌کردن بساطهای ثابت یا سیار خیابانی همت گماشتند. خمینی فکر می‌کرد اگر از مقرها و ستادهایمان بیرون برویم دیگر کار تمام است اما نتیجه معکوس شد و پیوند هر چه بیشتری بین خلق و مجاهد خلق برقرار گردید. در عین‌حال سرکوب و دستگیری و شکنجه و قتل مجاهدین نیز هم‌چنان‌که حاکمان شرع خمینی می‌گفتند و می‌نوشتند بی‌دریغ ادامه داشت.
به‌راستی که کنترل نیروی عظیم مجاهدین به‌نحوی که در برابر آن همه جنایتها عکس‌العمل نشان ندهند، یک گلوله از جانب ما شلیک نشود و حتی یک نفر هم به‌دست ما سهواً ً کشته نشود، کار شگفت و بی‌مانندی بود که با انضباط فوق تصور نسل انقلاب محقق شد.
مجاهدین طی دو سال فعالیت سیاسی در فضای نیمه دموکراتیک و با استفاده از اشکال مسالمت‌آمیز و علنی و قانونی، خودشان را به‌عنوان بزرگترین نیروی سیاسی ایران تثبیت کردند و تیراژ نشریه‌شان به بیش از 500هزار رسید که چندین برابرروزنامه‌های رسمی بود. در سالهای اخیر مقام‌های رژیم از جمله جلایی‌پور از سران باند خاتمی و از سرکردگان قبلی سپاه پاسدران در نوشته‌های خود شمار میلیشیای سازمان‌یافته ومتشکل مجاهدین در سراسر کشور را 500هزار نفر اعلام کردند. اما در این میان مهمترین مسأله برای خمینی این بود که مجاهدین در مبارزه آزادیخواهانه و ضدارتجاعی در رأس جبهه‌یی از نیروهای ترقیخواه وناراضی در سراسر کشور قرار گرفتند و به تهدید اصلی رژیم و آنتی‌تز تاریخی و اجتماعی و سیاسی جریان خمینی تبدیل شدند.
اوجگیری اختلاف مجاهدین و مردم و حتی نمایندگان مجلس و رئیس‌جمهور وقت با خمینی
پیشروی مجاهدین در صحنه سیاسی با شعار آزادی و گسترش حمایت از مجاهدین در صحنه اجتماعی، بحران سیاسی را به درون رژیم خمینی ریخت و تضادهای درونی آن را تشدید کرد. در خرداد 1359(ژوئن 1980) شماری بر اثر اوجگیری نفرت اجتماعی از چماقداری و سرکوب مجاهدین، شماری از از نمایندگان مجلس رژیم طی یک موضع‌گیری خواستار مقابله با چماقداران شدند. خمینی به فرزندش احمد دستور داد در این زمینه موضع‌گیری کند تا به‌نحوی چهره خودش را حفظ کند. اما بحران سیاسی و اختلافات درونی رژیم رو به افزایش بود. به‌خصوص اختلافات درونی بین بنی صدر که به‌عنوان رئیس‌جمهور در رأس قوه اجرایی بود و حزب جمهوری اسلامی که از طریق نفوذ خود در مجلس یک نخست‌وزیر نامطلوب (محمدعلی رجایی) را به بنی صدر تحمیل کرده و عملاً دولت را در اختیارخود گرفته بود، بالا گرفت. این بحران درونی، که در واقع بازتاب بحران بین مردم و مجاهدین از یک‌سو و کل رژیم از سوی دیگر بود، در اواخر سال 59به اوج خود رسید و در مراسم بزرگداشت وفات مصدق در دانشگاه تهران در اوخر اسفند59(مارس81) به زدو خوردهای خیابانی منجر گردید. متعاقباً خمینی هیأتی را برای حل اختلافات درونی رژیمش تشکیل داد ولی به نتیجه نرسید.
